裂解液中的去垢劑濃度太高或配方過(guò)于劇烈：此時(shí)降低去垢劑濃度或更換去垢劑種類(lèi)；
受蛋白的亞細胞定位影響：應重新選擇裂解液配方來(lái)釋放目的蛋白；
蛋白與蛋白之間的相互作用太弱或不太穩定：應選擇親和力更高的抗體以捕獲更多的目的蛋白，從而捕獲更多的相互作用蛋白；過(guò)表達提高目的蛋白的含量：選擇目的蛋白或相互作用蛋白含量高的樣品進(jìn)行免疫共沉淀實(shí)驗。