樣品被蛋白酶降解，處理方法：添加蛋白酶抑制劑(protease inhibitor)；所有操作保持4℃以下冰上操作并防止凍融。
抗體濃度太低，處理方法：調整IP和/或IB抗體濃度， 必要時(shí)設立濃度梯度，摸索最佳濃度；
抗體親合力太低，處理方法：選用適合于IP和/或IB的相應抗體；
IP抗體未與agarose珠子結合，處理方法：選用適合于IP的相應珠子， 正確保存防止變質(zhì)或干燥；
Tag未暴露在融合蛋白構象的表面，處理方法：改變tag融合表達部位；
裂解液嚴謹度太高，處理方法：改用低嚴謹度裂解液。